Re: [閒聊]中興生化所的那篇Cell

[guyspy (堅實勁道豬排蓋飯)]

大家好，這是我在這個版的首PO，我是台大分子與細胞所的研究生。
今天從同學這裡聽到這個消息，也將照片拿來仔細的分析過，
我們也都發現一些需要作者出面說明的疑點。
和幾位同學討論過後，決定要將我們的分析方法和結果分享給大家參考。
同時我們也用較貴論壇網上證據圖片為精細的方式，將希望結果呈現呈現清楚，
並讓大多數人看懂利用photoshop進行分析比較的方法。


首先我也是希望，就此打住，我們靜待Cell的官方說明就好了。
畢竟一篇paper能通過Cell的審核本身就是一件了不起的事情，
既然已經通過審核，我想我們應該多少尊重Cell編審團隊的專業能力。
誠如上述幾位板友所說，科學的爭論就讓科學來解決，
我們也希望靜待別的實驗團隊來repeat這項研究成果。

回想這篇paper被accept的時候，我們那時打從心底佩服雀躍與有榮焉的心情，
尤其是由中興大學所獨立完成發表，更顯不易，
現在這篇paper的data被疑有造假的可能，自是有意親自查證，誠心希望流言是假的。
然而很遺憾，有一些數位修圖的痕跡經過強化表現之後十分明顯，
就事論事而言，應當要讓大家知道我們看到的東西是什麼，並且一起來評估它的真偽。

空口說圖有問題，當然要拿出清楚的證據；
要證明圖沒問題，自然要對他進行嚴格的考驗。
以下就是我們所呈現的：


http://homepage.ntu.edu.tw/~d95b43002/fig1b-01.jpg

照片是否經過拼湊剪貼，只要使用對比調整，或是photoshop的色階調整，
就能清楚呈現。
因為被數位修除的像素點，會呈現255,255,255的完美白色，不含任何帶灰階度的雜點
因此經過色階調整之後，將原本的白底置換為灰底，
被切割的邊緣就會銳利的呈現出來。

上半圖是一張我隨便下載的膠圖，經過同樣的色階調整處理並局部放大
和這篇paper的Fig. 1B做比較
可以發現Fig. 1B的確有剪貼的痕跡。
而且剪貼的區域不止lane與lane之間，也包括lane的內部。

而被修過內部的那兩lane，剩餘部份的區域之"pixel pattern"和左兩lane極為類似
並不似自然跑膠時所會呈現的狀況。


至於大家爭議最大的Fig. 2C
http://homepage.ntu.edu.tw/~d95b43002/fig2c-01.jpg

我們取中間六lane的局部放大圖來看，
發現"pixel pattern"是極為類似的。
對岸的論壇網站上有網友將lane割圖下來調成半透明來做疊合，發現是吻合的，
和我們的局部觀察結果一致。
而利用色階調整，我們進一步發現lane的下半部和上半部中間出現橫截線
(紅色線段標示處)，
承上述，這樣的橫截線並不似自然產生的。

關於所謂"pixel pattern 一致，故為複製貼上" 這樣的觀察結論，
我們對自己提出反駁：
"雖然大部份一樣，但最細部的像素點分布是不同的"

的確，但之後我們模擬了數位製圖程序，發現這樣的差異可以在之後的過程中產生。
因為在圖形轉檔成GIF的過程中，會有失真的現象，造成細部的隨機差異。


http://homepage.ntu.edu.tw/~d95b43002/vert2gif.jpg
此為小弟自己跑的一條lane，經過複製後的結果
轉成灰階GIF存檔後再度開啟，放大至500%細看，
的確細部的像素分布情形發生隨機變化。
很遺憾，我們仍無法為這篇paper辯解。


最後，Fig. 2C中間六個lane出現有明顯的橫截線(紅色標記)
http://homepage.ntu.edu.tw/~d95b43002/fig2c-02.jpg
這次的橫截線是灰-灰相接的，因此無法用色階調整的方式凸顯
但不需要特別調整色階，原始圖中一條完美水平的截面逕自呈現出來。
同樣不似自然發生的。

比較這幾個lane的pattern，我們suggest最右方是原始的複製對象，
因為左方數lane都含有橫截線，而且橫截線以上的部分都和最右lane有相同pattern
(唯右二那條lane的橫截線並不明顯，我不敢明確斷言右二亦是修圖結果。)


類似的疑似人為修圖痕跡還有在Figure 2B和Figure 4B中發現
再此恕無時間一一詳細呈現。



很遺憾
目前這些觀察都對原作者不利。
在沒有翻案性的其他證據下，我們必須結論，這篇paper的圖確實經過人為拼湊修改。
而目前為止，我們也只能下這樣的結論，

至於是學術騙局，或是對岸同胞指教的那些指稱，
目前都是過度詮釋證據了。


靜待Cell的官方說明，以及中興方面的說明吧。
我們不應該也沒有權利說多於數據所說的話，其餘部分，
大家拿出科學人的素養，對數據沒說的部份，保持沉默吧。

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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.112.59.193
推 microball:推薦這篇文章。一切按照客觀data分析詮釋才是科學
※ 編輯: guyspy          來自: 140.112.59.193       (11/21 01:03)
推 midmoom:如果原始數據證明沒錯，你們會道歉嗎？
推 blence:[數位修除的像素點，會呈現完美白色],來說明可能無法信服
→ blence:因為這個group是用fuji BAS5000,而不是一般的X-film再掃瞄
→ blence:說不定友善的操作模式透過threshold將背景歸零,算合理嗎？
→ blence:至於fig2c的確很像,很多人都質疑,不過你怎麼會用gif來看,
→ blence:如果用c/p的,用.tiff來測試應該比較適當吧？
推 nightcatman:推這篇,二樓的不要用政客的口氣講話,一切回歸data好嗎
推 nightcatman:g兄用他可以拿到的data做分析之後得到結論和合理質疑,
→ nightcatman:不管他的質疑最後是對或是錯,他都不需要為此道歉,因為
→ nightcatman:他的質疑並不是來自於立場,而是來自於他對data的分析
→ nightcatman:反而像二樓這種動不動叫人道歉的思考模式,我無法茍同
推 lzm910:很好笑!分析Data是指分析這些不知道轉過多少次的影像檔嗎?
→ lzm910:你有看過原始DATA嗎?想分析數據真假,請重複實驗,打什麼嘴砲
推 nightcatman:別人看到的"事實"就只有轉過的影像檔,所以當他用這些
→ nightcatman:轉過的影像檔做出東西並提出質疑的時候,是完全合理的
→ nightcatman:而提供原始的data以排除這些質疑應該是原發表者的責任
→ nightcatman:我覺得你的反應太過激動了一點
推 lzm910:要講責任,我就跟你講責任,期刊已經接受,請你向期刊提出質疑
→ lzm910:張老師沒必要向你說明,還有,向老師問問題請報上你的大名
→ lzm910:這是基本的禮貌
→ nightcatman:你現在在玩訴諸權威的遊戲?
推 lzm910:是你在玩遊戲,不是我!還有~基本的禮貌本來就該有
推 nightcatman:我沒有在玩,我說的是面對質疑時的應該拿出來的回應
推 Bedouin:推薦這篇文章~
推 polymerase:推本PO，護航的人.....唉
→ polymerase:lane的pattern是獨一無二的，每個lane都不可能一樣
→ polymerase:大家就慢慢等CELL查好了
→ polymerase:最好是張老師沒有必要向大家說明啦！lzm910很屌嘛！
推 lzm910:挖塞!沒想到你看到我的屌了!真不知該喜還是該憂呢?^^
→ lzm910:謝謝你的稱讚嚕^^
→ lzm910:還有!張老師要說明也不是對你說明,請注意你的禮貌,謝謝!
推 lzm910:都已經跟你說老師已經將你們的問題主動向cell回應了,不知道
→ lzm910:這樣算不算說明呢?還是要老師來上ptt?
推 lnalna:妳的是原始檔 我們的不是 立足點好像不一樣